内蒙古大学研究生院是内蒙古自治区唯一的博士、硕士研究生教育培养机构，也是实施博士研究生培养项目和硕士专业学位研究生教育项目最早的高等学府之一。
研究生院下设15个一级学科硕士学位授权类别、5个博士学位授权类别，涉及哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学等学科。目前开设了近60个硕士研究生专业学位授权类别。
内蒙古大学研究生教育始建于1984年，最早的硕士研究生招生专业是数学，博士研究生招生开始于1995年。多年来，研究生培养质量稳步提高，已成为培养高层次人才的重要基地之一。
内蒙古大学研究生培养以学科建设为基础，并注重学科间的交叉与融合，充分发挥高水平的师资队伍和科研优势。同时，以培养具有国际眼光和国际竞争力的高层次创新人才为目标，开展了一系列国际化及多元化的人才培养计划。学校已与美国、加拿大、意大利、新加坡、台湾等地的多所高校和研究机构建立了合作关系。