EMBA和MBA都是国际上比较有影响力和广泛认可的商学硕士学位，但它们的培养目标，课程设置和就业前景存在很大的不同。
EMBA是为在职高级管理人员设计的的培训项目，侧重于实践性、实用性，更注重培养高层次管理者的领导和决策能力。EMBA的课程都是在培训院校上课，时间段通常是周末或者非工作时间，课程设置相对比较灵活，涵盖了组织行为学、战略管理、财务会计、市场营销和创新管理等应用型领域。
MBA更多关注的是经济学理论与商业应用相结合，注重培养学员的综合素质，适合于有较丰富工作经验的人群进行深度提升。MBA的课程通常在大学中进行，以传授管理理论和管理实践应用为主，课程设置比相对固定，主要涉及市场营销、财务、会计、战略管理等课程。
就业前景方面，两者存在一定区别。MBA的教学注重企业运作，培养的是能够承担企业中高层次管理职位的高级人才。而EMBA普遍是由企业领导层自行选拔，学员正是这些公司的高级主管，EMBA学习文凭更多体现在干部人事、管理晋升替换等内部管理当中。
